Dès 3000 av.J.-C.,la civilisation s'est épanouie en Egypte, au Moyen-Orient, en Inde et en Chine, et l'utilisation des plantes est devenue plus élaborée.
Le premier recueil consacré aux plantes médicinales, le papyrus égyptien Ebers, que l'on fait remonter à 1500 av.J.-C., est le plus ancien exemple encore conservé. Il dresse l'inventaire d'une douzaine de plantes médicinales, avec leurs modes d'utilisation, incantations et sorts. Parmi les plantes répertoriées, on trouve le balsamier (Commiphora molmol), le ricin {Ridnus communis) et l'ail (Allium sativum). En Inde, lesVeda, des poèmes épiques rédigés eux aussi vers 1500 av.J.-C., contiennent des témoignages de la connaissance des plantes dès cette époque. Vers 400 av.J.-C.. le Charaka Samhita succède aux Veda.Ecrit par le médecin Charaka, ce traité décrit avec précision quelque 350 plantes médicinales. Parmi celles-ci, l'auteur mentionne la khella {Ammi visnaga), originaire du Moyen-Orient, qui a récemment prouvé son efficacité dans le traitement de l'asthme, et l'hydrocotyle asiatique (Çentella asiatica), qui a longtemps servi à soigner la lèpre.